CEMS除了采用科學先進的在線監測技術之外，更重要的是從CEMS生產、安裝、調試、驗證、運行、維護以及監督考核等各個環節采取嚴格有效的質量保證和質量控制措施和要求，保障CEMS的數據質量，建立一套CEMS全過程質控規范體系。

固定污染源CEMS監測數據的全過程外部質控程序主要包括三個質量保證和質量控制階段，即CEMS的生產和銷售階段；CEMS安裝、調試和驗收階段；CEMS運行、維護和監督考核階段。

1.CEMS的生產和銷售階段

 CEMS生產企業應首先根據本企業CEMS產品的生產、組裝、檢驗等質控文件開展CEMS產品的批量生產這階段CEMS的外部質控措施是使用CEMS產品相關的環境監測儀器進行適用性檢測。

 目前國內的適用性檢測工作由環境保護部環境監測儀器質量監督檢驗中心負責完成，檢測方式為按產品型號抽查檢測，檢測過程包括實驗室檢測和污染源現場檢測相結合，監測周期為三年。CEMS經適用性檢測合格后方可在環境監測領域進行銷售和使用。

2.CEMS安裝、調試和驗收階段

 CEMS產品銷售后需要在現場進行安裝、調試和驗收工作，這個階段包括安裝調試后的“調試檢測”和驗收過程中的“驗收檢測”。

 CEMS安裝和調試主要包括：安裝位置選擇、配套環境設施的建設和CEMS安裝自身規范性的內容。調試完成，至少7天后可進行調試檢測，在調試檢測合格后可向當地環保部門申請CEMS驗收。驗收合格后可正常出具監測數據，為環境管理和監管服務。

3.CEMS運行、維護和監督考核階段

 CEMS在污染源現場進行工作。由于現場噪聲、振動、腐蝕等環境條件相對惡劣，且CEMS工作處于高溫、高濕、高粉塵以及高腐蝕性的廢氣污染環境中，因此CEMS產品不僅需要長期穩定可靠運行的性能質量，更重要的是日常定期開展運營維護、校準校驗、耗材更換以及故障維修等工作，以確保CEMS系統長期穩定的運行。